Năm 1598, Toyotomi Hideyoshi qua đời và được thừa kế bởi con trai là Toyotomi Hideyori, người lúc bấy giờ mới chỉ 5 tuổi. Là một người thân cận của Hideyoshi, Ukita Hideie ủng hộ ấu chúa Hideyori. Năm 1600, ông tham gia lực lượng trung thành với Gia tộc Toyotomi dưới trướng Ishida Mitsunari (Tây quân) chống lại quân đội của Tokugawa Ieyasu (Đông quân), đích thân chỉ huy 17.000 quân bản bộ ở trung tâm. Quân Hideie của đối đầu trực diện với Fukushima Masanori bên phía Tokugawa trong một trong những cuộc giao tranh đẫm máu nhất tại Sekigahara ngày hôm đó. Hideie tuy giành được thế thượng phong và đang trên đà đẩy lui quân của Masanori, song chỉ huy cánh phải của Đông quân là Kobayakawa Hideaki đã đổi phe, quay sang đánh úp khiến đội hình của Hideie vỡ trận, xoay chuyển thế cục trận chiến.

Sau khi trận đánh kết thúc, Kobayakawa Hideaki được Tokugawa Ieyasu ban lâu đài Okayama và các lãnh địa phụ cận khác thuộc gia tộc Ukita. Tức giận trước hành động phản bội, Hideie quyết tâm thách thức Hideaki tỷ thí tay đôi. Tuy nhiên, hành động này nhanh chóng bị các thuộc hạ của ông ngăn cản. Sau đó, Hideie trốn chạy tới tỉnh Satsuma, nơi ông được đồng minh cũ là gia tộc Shimazu bảo vệ trong một thời gian.